（美）C.D.阿利斯等（C.David Allis） 主编的作品
第1章表观遗传学简史 1.1引言 1.2来自遗传学和发育生物学的线索 1.3DNA在一个生物体的所有体细胞中都是相同的 1.4DNA甲基化的作用 1.5染色质的作用 1.6所有机制都是相互关联的 致谢 第2章下一代：年轻科学家在表观遗传学研究中令人振奋的新发现 2.1组蛋白去甲基化酶的发现 2.2细胞重编程 2.3lncRNA：将RNA与染色质相连接 2.4增强子RNA：一类在增强子处合成的长链非编码RNA 致谢 2.5表观遗传学拓展：基因组DNA中胞嘧啶的新修饰 2.6植物可移动小RNA 2.7CpG岛染色质是通过CxxC类锌指蛋白的招募而形成的 2.8用于癌症治疗的布罗莫结构域和超末端结构域抑制剂：染色质结构的化学调节 2.9含布罗莫结构域蛋白在炎症反应中的药理抑制作用 2.10儿童脑瘤中的组蛋白H3突变 2.11染色体折叠是表观遗传状态的“驾驶员”还是“乘客”？ 致谢 第3章概述和概念 3.1遗传学与表观遗传学 3.2研究表观遗传学的模型系统 3.3表观遗传学的定义 3.4染色质模板 3.5组蛋白修饰：写入器和擦除器 3.6组蛋白阅读器和染色质重塑因子 3.7组蛋白变体 3.8组蛋白修饰的生物学效应 3.9染色质的高阶组织 3.10DNA甲基化 3.11RNAi和RNA介导的基因沉默 3.12常染色质与异染色质的区别 3.13从单细胞到多细胞系统 3.14表观基因组参考图 3.15扩展的基因概念和非编码RNA 3.16Polycomb和Trithorax 3.17X染色体失活和兼性异染色质 3.18细胞命运重编程 3.19癌症和表观遗传治疗 3.20人类疾病的表观遗传因素 3.21代谢和环境的表观遗传应答 3.22表观遗传的遗传 3.23表观遗传调控到底有什么功能？ 3.24表观遗传研究中涉及的重大问题 网络资源 第4章组蛋白乙酰化的写入器和阅读器：结构、机制和抑制 4.1组蛋白的写入器、擦除器和阅读器介绍 4.2组蛋白乙酰转移酶 4.3乙酰赖氨酸阅读器 4.4展望 致谢 第5章组蛋白乙酰化擦除器：组蛋白去乙酰化酶 5.1引言 5.2HDAC家族和分类：2个家族和4个类别 5.3催化机理和结构 5.4HDAC的底物 5.5HDAC活性的调节 5.6HDAC的生物学重要性 5.7抑制剂 5.8总结 第6章DNA和组蛋白甲基化的结构和功能协调 6.1组蛋白甲基化和去甲基化 6.2DNA甲基化 6.3DNA甲基化与组蛋白修饰之间的相互作用 6.4总结 致谢 第7章组蛋白表观遗传标记和DNA甲基化标记读取的结构解析 7.1引言 7.2通过PHD指和BAH模块读取Kme标记 7.3通过单个Royal家族模块读取Kme标记 7.4通过串联Royal家族模块读取Kme标记 7.5通过组合和配对模块读取Kme标记 7.6通过Tudor模块读取甲基化精氨酸标记 7.7未修饰赖氨酸标记的读取 7.8未修饰精氨酸标记的读取 7.9肽水平上通过连锁结合模块的多价读取 7.10核小体水平通过连锁结合模块的多价读取 7.11PHD-bromo盒的非染色质功能角色 7.12组蛋白标记间的互作 7.13组蛋白类似物 7.14DNA上全甲基化5mCpG位点的读取 7.15DNA上半甲基化5mCpG位点的读取 7.16展望与未来挑战 致谢 第8章酿酒酵母的表观遗传学 8.1酵母的遗传和分子工具 8.2酵母的生命周期 8.3酵母异染色质存在于沉默的HM交配位点和端粒之中 8.4Sir蛋白质结构与进化保守性 8.5沉默染色质是一种在整个结构域中扩散的抑制性结构 8.6异染色质组装的不同步骤 8.7组蛋白H4K16乙酰化及其被Sir2去乙酰化的关键作用 8.8屏障功能：组蛋白修饰限制Sir复合体扩散 8.9H3氨基末端尾巴在高阶染色质结构中的作用 8.10端粒的反式相互作用和异染色质的核周缘附着 8.11端粒环化 8.12天然亚端粒结构域的可变抑制 8.13表观遗传状态的遗传 8.14Sir蛋白和沉默染色质的其他功能 8.15总结 第9章粟酒裂殖酵母染色质状态的表观调控 9.1粟酒裂殖酵母的生命周期 9.2异染色质组分的筛选 9.3不同类型的异染色质 9.4粟酒裂殖酵母的着丝粒：研究异染色质的范例 9.5粟酒裂殖酵母着丝粒染色质结构域和动粒 9.6其他沉默区的异染色质形成 9.7粟酒裂殖酵母的核小体重塑 9.8粟酒裂殖酵母的细胞核装配 9.9粟酒裂殖酵母的基因组和表观基因组 9.10总结 致谢 第10章粗糙脉孢菌：一个用于表观遗传学研究的模型系统 10.1粗糙脉孢菌：有机体的历史和特征 10.2脉孢菌DNA甲基化 10.3RIP—一个同时具有遗传和表观遗传学方面的基因组防御系统 10.4对RIP遗留痕迹的研究为DNA甲基化的调控提供了见解 10.5组蛋白H3K27甲基化 10.6抑制 10.7减数分裂沉默 10.8RIP、抑制和减数分裂沉默的可能功能和实际用途 10.9总结 致谢 第11章纤毛虫的表观遗传学 11.1纤毛虫：具有两个不同基因组的单细胞 11.2接合：生殖系和体细胞基因组的分化 11.3大核和微核：活性与沉默染色质的模型 11.4纤毛虫中同源依赖的基因沉默 11.5大核发育过程中的全基因组重排 11.6DNA消除是由同源依赖机制介导的 11.7DNA消除是由小RNA介导的整个基因组跨核比较引导的 11.8scnRNA诱导的异染色质形成先于DNA消除 11.9DNA有序化以母体RNA为模板 11.10程序化基因组重排的生物学功能 11.11交配型决定的表观遗传调控 11.12总结 第12章果蝇的花斑型位置效应、异染色质形成和基因沉默 12.1基因异常地与异染色质靠近显示出花斑表型 12.2筛选PEV抑制剂和增强子以鉴定出染色体蛋白质和染色体蛋白质修饰因子 12.3染色体蛋白质的分布和结合模式 12.4组蛋白修饰在异染色质沉默中起关键作用 12.5染色体蛋白质形成相互依赖的复合体来维持和扩展异染色质结构 12.6并非所有异染色质都是相同的：空间组织很重要 12.7果蝇异染色质的形成是如何靶向的？ 12.8不同生物体中的PEV、异染色质形成与基因沉默 12.9总结：关于异染色质，我们还有很多未知 致谢 第13章植物的表观遗传调控 13.1植物作为表观遗传研究的模型 13.2植物中染色质的分子组成 13.3RNA介导的基因沉默途径的分子成分 13.4展望 致谢 第14章利用小鼠模型研究表观遗传学 14.1利用小鼠模型鉴定表观遗传重编程修饰因子 14.2近交小鼠克隆中的表观遗传现象 14.3总结与展望 第15章哺乳动物中的DNA甲基化 15.1细胞记忆的机制 15.2DNA甲基化模式的建立 15.3DNA去甲基化 15.4DNA甲基化调控基因表达 15.5DNA甲基化与组蛋白修饰的相互作用 15.6DNA甲基化与疾病 15.7展望 致谢 第16章RNAi和异染色质组装 16.1RNAi途径概述 16.2表明RNA是TGS中介的早期证据 16.3粟酒裂殖酵母中RNAi和异染色质组装 16.4拟南芥中RNAi介导的染色质和DNA修饰 16.5动物中RNAi介导的染色质修饰的保守性 16.6总结 第17章多梳蛋白家族介导的转录沉默 17.1引言 17.2染色质上沉默标记的建立 17.3PcG复合体靶向到沉默的基因 17.4发育和疾病中的PcG抑制 17.5总结与展望 致谢 第18章一组Trithorax蛋白质调控基因表达 18.1引言 18.2trxG蛋白与染色质的联系 18.3trxG蛋白与一般转录机制的联系 18.4trxG蛋白与黏连蛋白的联系 18.5其他trxG蛋白的生化功能 18.6trxG蛋白和PcG蛋白的功能互作 18.7非编码RNA和trxG蛋白 18.8trxG蛋白和人类疾病 18.9总结 第19章染色质的远程交互作用 19.1引言：体内储存DNA的挑战 19.2核架构背景下的远程交互作用 19.3染色质交互作用和基因调控的分析 19.4染色质环交互的不同类型 19.5构建染色质环 19.6环的交互和基因调控 19.7总结 第20章组蛋白变体和表观遗传学 20.1所有生物中DNA被结构性蛋白包装 20.2真核生物核心组蛋白从古细菌组蛋白进化而来 20.3大量组蛋白在DNA复制后加载 20.4组蛋白变体在整个细胞周期中加载 20.5一种特殊的组蛋白H3变体标记了着丝粒 20.6组蛋白变体H3.3的替换发生在活跃染色质上 20.7H3.3在生殖系中的功能 20.8H2A.X的磷酸化在DNA双链断裂修复过程中的功能 20.9H2A.Z在染色质调节中起多种作用 20.10H3.3和H2A.Z占据特定染色质位置 20.11H2A.Z核小体的占据是动态的并改变染色质的特性 20.12H2A.Z在表观继承中的功能 20.13其他H2A变体区分染色质，但它们的功能尚不清楚 20.14许多组蛋白已经进化，以更紧密地包装DNA 20.15组蛋白变体与人类疾病 20.16总结与展望 第21章核小体重塑与表观遗传学 21.1核小体重塑的发现：历史回顾 21.2核小体重塑的具体细节 21.3核小体重塑复合体的多样性 21.4核小体重塑因子作为转录调控因子 21.5染色质组装与组织过程中的核小体重塑 21.6染色质重塑因子对组蛋白修饰的识别 21.7翻译后修饰对重塑因子的调控 21.8染色质重塑因子与DNA甲基化的相互作用 21.9染色质重塑因子和组蛋白变体 21.10发育过程中的核小体重塑 21.11总结 致谢 第22章表观遗传信息的维持 22.1DNA甲基化 22.2混合亲本组蛋白和新的组蛋白 22.3复制时序 22.4总结 致谢 第23章秀丽隐杆线虫X染色体的调控 23.1秀丽隐杆线虫性染色体的不均衡性 23.2X︰A比值的确定 23.3DCC类似于致密因子复合物 23.4DCC的募集和蔓延 23.5DCC效应：X连锁基因和常染色体基因her-1的下调 23.6X连锁基因的补偿性上调 23.7生殖系发育和X染色体的全局性沉默 23.8雄性个体中单一X染色体的减数分裂沉默 23.9MES组蛋白修饰酶对X染色体沉默的调控 23.10早期胚胎中父源X染色体的失活 23.11总结 网络资源 第24章果蝇中的剂量补偿效应 24.1剂量补偿效应在果蝇中的发现 24.2剂量补偿效应的调控 24.3负责补偿效应的染色质重塑复合物的组装 24.4非编码roXRNA促进MSL复合物在X染色体上的组装和靶标 24.5MSL结合X染色体的高分辨率分析 24.6从起始位点过渡到目标基因 24.7与剂量补偿相关的染色质修饰 24.8剂量补偿的机制模型 24.9剂量补偿与细胞核调控 24.10染色质因子对雄性X染色体的整体影响 24.11剂量补偿效应如何演化 24.12展望 网络资源 第25章哺乳动物中的剂量补偿效应 25.1引言 25.2X染色体失活概述 25.3X染色体失活的起始 25.4失活状态的增殖和维持 25.5X染色体的再激活和重编程 25.6总结与展望 第26章哺乳动物中基因组印记 26.1历史回顾 26.2基因组印记—一种表观遗传的基因调控系统 26.3基因组印记中的关键发现 26.4基因组印记—哺乳动物的一种表观遗传调控模型 26.5展望 致谢 网络资源 第27章生殖细胞系和多能干细胞 27.1哺乳动物生命周期中的遗传和表观遗传统一体 27.2生殖细胞特化的调节机制 27.3从卵母细胞到早期胚胎 27.4从多能干细胞到体细胞再回到生殖细胞 27.5展望 致谢 第28章诱导多能性和表观遗传重编程 28.1细胞重编程的历史 28.2iPSC的产生 28.3iPSC形成的潜在机制 28.4疾病研究中iPSC技术的应用 28.5悬而未决的问题：iPSC是否等效于ES细胞？ 28.6总结 致谢 第29章免疫的表观遗传调控 29.1获得性免疫应答简介 29.2淋巴系统中的谱系决定 29.3免疫系统中的谱系可塑性 29.4V(D)J重排的表观遗传调控 29.5恶性淋巴肿瘤中表观遗传调控的作用 29.6染色质介导的炎症反应控制 29.7“组蛋白模拟物”及其对炎症反应调控的暗示 29.8总结 第30章染色质的代谢信号 30.1代谢物 30.2酶 30.3中间代谢的改变调节表观遗传状态 30.4生物钟表观基因组 30.5老化和衰老的表观基因组以及与新陈代谢的联系 30.6总结 第31章植物响应环境的表观遗传调控 31.1环境记忆中的表观遗传调控 31.2案例1—春化 31.3案例2—病毒介导的基因沉默与表观遗传 31.4重置与跨代遗传 31.5响应胁迫的瞬时表观遗传调控 31.6响应胁迫的跨代表观遗传调控 31.7表观遗传对基因组结构的影响 31.8被诱导的表观遗传改变的后遗症 31.9展望 第32章组蛋白和DNA修饰是神经元发育和功能的调节因子 32.1神经元发生的表观遗传调控 32.2Pcdh启动子选择的表观遗传调控 32.3OR选择的表观遗传调控 32.4嗅觉神经元生命跨度的表观遗传调控 32.5总结与展望 第33章表观遗传学与人类疾病 33.1引言 33.2人类病例研究揭示表观遗传的生物学作用 33.3人类疾病 33.4展望 致谢 第34章癌症的表观遗传决定因素 34.1癌症的生物学基础 34.2染色质对于癌症的重要意义 34.3DNA甲基化在癌症中的作用 34.4癌症中高甲基化的基因启动子 34.5早期癌症发生中表观基因沉默的重要性 34.6表观遗传沉默的癌症基因的分子结构 34.7癌症中表观基因沉默的主要研究问题的总结 34.8DNA甲基化异常作为癌症检测和监测癌症预后的生物标志物 34.9表观遗传疗法 第35章组蛋白修饰与癌症 35.1简介 35.2组蛋白修饰 35.3靶向组蛋白修饰的药物发现中的挑战 附录 第36章染色质的必要性：展望 36.1一些进展的归纳 36.2建立全局染色质可及性的假设 附录1网络资源 附录2目前记录的组蛋白修饰的详细目录 索引
第1章表观遗传学简史 1.1引言 1.2来自遗传学和发育生物学的线索 1.3DNA在一个生物体的所有体细胞中都是相同的 1.4DNA甲基化的作用 1.5染色质的作用 1.6所有机制都是相互关联的 致谢 第2章下一代：年轻科学家在表观遗传学研究中令人振奋的新发现 2.1组蛋白去甲基化酶的发现 2.2细胞重编程 2.3lncRNA：将RNA与染色质相连接 2.4增强子RNA：一类在增强子处合成的长链非编码RNA 致谢 2.5表观遗传学拓展：基因组DNA中胞嘧啶的新修饰 2.6植物可移动小RNA 2.7CpG岛染色质是通过CxxC类锌指蛋白的招募而形成的 2.8用于癌症治疗的布罗莫结构域和超末端结构域抑制剂：染色质结构的化学调节 2.9含布罗莫结构域蛋白在炎症反应中的药理抑制作用 2.10儿童脑瘤中的组蛋白H3突变 2.11染色体折叠是表观遗传状态的“驾驶员”还是“乘客”？ 致谢 第3章概述和概念 3.1遗传学与表观遗传学 3.2研究表观遗传学的模型系统 3.3表观遗传学的定义 3.4染色质模板 3.5组蛋白修饰：写入器和擦除器 3.6组蛋白阅读器和染色质重塑因子 3.7组蛋白变体 3.8组蛋白修饰的生物学效应 3.9染色质的高阶组织 3.10DNA甲基化 3.11RNAi和RNA介导的基因沉默 3.12常染色质与异染色质的区别 3.13从单细胞到多细胞系统 3.14表观基因组参考图 3.15扩展的基因概念和非编码RNA 3.16Polycomb和Trithorax 3.17X染色体失活和兼性异染色质 3.18细胞命运重编程 3.19癌症和表观遗传治疗 3.20人类疾病的表观遗传因素 3.21代谢和环境的表观遗传应答 3.22表观遗传的遗传 3.23表观遗传调控到底有什么功能？ 3.24表观遗传研究中涉及的重大问题 网络资源 第4章组蛋白乙酰化的写入器和阅读器：结构、机制和抑制 4.1组蛋白的写入器、擦除器和阅读器介绍 4.2组蛋白乙酰转移酶 4.3乙酰赖氨酸阅读器 4.4展望 致谢 第5章组蛋白乙酰化擦除器：组蛋白去乙酰化酶 5.1引言 5.2HDAC家族和分类：2个家族和4个类别 5.3催化机理和结构 5.4HDAC的底物 5.5HDAC活性的调节 5.6HDAC的生物学重要性 5.7抑制剂 5.8总结 第6章DNA和组蛋白甲基化的结构和功能协调 6.1组蛋白甲基化和去甲基化 6.2DNA甲基化 6.3DNA甲基化与组蛋白修饰之间的相互作用 6.4总结 致谢 第7章组蛋白表观遗传标记和DNA甲基化标记读取的结构解析 7.1引言 7.2通过PHD指和BAH模块读取Kme标记 7.3通过单个Royal家族模块读取Kme标记 7.4通过串联Royal家族模块读取Kme标记 7.5通过组合和配对模块读取Kme标记 7.6通过Tudor模块读取甲基化精氨酸标记 7.7未修饰赖氨酸标记的读取 7.8未修饰精氨酸标记的读取 7.9肽水平上通过连锁结合模块的多价读取 7.10核小体水平通过连锁结合模块的多价读取 7.11PHD-bromo盒的非染色质功能角色 7.12组蛋白标记间的互作 7.13组蛋白类似物 7.14DNA上全甲基化5mCpG位点的读取 7.15DNA上半甲基化5mCpG位点的读取 7.16展望与未来挑战 致谢 第8章酿酒酵母的表观遗传学 8.1酵母的遗传和分子工具 8.2酵母的生命周期 8.3酵母异染色质存在于沉默的HM交配位点和端粒之中 8.4Sir蛋白质结构与进化保守性 8.5沉默染色质是一种在整个结构域中扩散的抑制性结构 8.6异染色质组装的不同步骤 8.7组蛋白H4K16乙酰化及其被Sir2去乙酰化的关键作用 8.8屏障功能：组蛋白修饰限制Sir复合体扩散 8.9H3氨基末端尾巴在高阶染色质结构中的作用 8.10端粒的反式相互作用和异染色质的核周缘附着 8.11端粒环化 8.12天然亚端粒结构域的可变抑制 8.13表观遗传状态的遗传 8.14Sir蛋白和沉默染色质的其他功能 8.15总结 第9章粟酒裂殖酵母染色质状态的表观调控 9.1粟酒裂殖酵母的生命周期 9.2异染色质组分的筛选 9.3不同类型的异染色质 9.4粟酒裂殖酵母的着丝粒：研究异染色质的范例 9.5粟酒裂殖酵母着丝粒染色质结构域和动粒 9.6其他沉默区的异染色质形成 9.7粟酒裂殖酵母的核小体重塑 9.8粟酒裂殖酵母的细胞核装配 9.9粟酒裂殖酵母的基因组和表观基因组 9.10总结 致谢 第10章粗糙脉孢菌：一个用于表观遗传学研究的模型系统 10.1粗糙脉孢菌：有机体的历史和特征 10.2脉孢菌DNA甲基化 10.3RIP—一个同时具有遗传和表观遗传学方面的基因组防御系统 10.4对RIP遗留痕迹的研究为DNA甲基化的调控提供了见解 10.5组蛋白H3K27甲基化 10.6抑制 10.7减数分裂沉默 10.8RIP、抑制和减数分裂沉默的可能功能和实际用途 10.9总结 致谢 第11章纤毛虫的表观遗传学 11.1纤毛虫：具有两个不同基因组的单细胞 11.2接合：生殖系和体细胞基因组的分化 11.3大核和微核：活性与沉默染色质的模型 11.4纤毛虫中同源依赖的基因沉默 11.5大核发育过程中的全基因组重排 11.6DNA消除是由同源依赖机制介导的 11.7DNA消除是由小RNA介导的整个基因组跨核比较引导的 11.8scnRNA诱导的异染色质形成先于DNA消除 11.9DNA有序化以母体RNA为模板 11.10程序化基因组重排的生物学功能 11.11交配型决定的表观遗传调控 11.12总结 第12章果蝇的花斑型位置效应、异染色质形成和基因沉默 12.1基因异常地与异染色质靠近显示出花斑表型 12.2筛选PEV抑制剂和增强子以鉴定出染色体蛋白质和染色体蛋白质修饰因子 12.3染色体蛋白质的分布和结合模式 12.4组蛋白修饰在异染色质沉默中起关键作用 12.5染色体蛋白质形成相互依赖的复合体来维持和扩展异染色质结构 12.6并非所有异染色质都是相同的：空间组织很重要 12.7果蝇异染色质的形成是如何靶向的？ 12.8不同生物体中的PEV、异染色质形成与基因沉默 12.9总结：关于异染色质，我们还有很多未知 致谢 第13章植物的表观遗传调控 13.1植物作为表观遗传研究的模型 13.2植物中染色质的分子组成 13.3RNA介导的基因沉默途径的分子成分 13.4展望 致谢 第14章利用小鼠模型研究表观遗传学 14.1利用小鼠模型鉴定表观遗传重编程修饰因子 14.2近交小鼠克隆中的表观遗传现象 14.3总结与展望 第15章哺乳动物中的DNA甲基化 15.1细胞记忆的机制 15.2DNA甲基化模式的建立 15.3DNA去甲基化 15.4DNA甲基化调控基因表达 15.5DNA甲基化与组蛋白修饰的相互作用 15.6DNA甲基化与疾病 15.7展望 致谢 第16章RNAi和异染色质组装 16.1RNAi途径概述 16.2表明RNA是TGS中介的早期证据 16.3粟酒裂殖酵母中RNAi和异染色质组装 16.4拟南芥中RNAi介导的染色质和DNA修饰 16.5动物中RNAi介导的染色质修饰的保守性 16.6总结 第17章多梳蛋白家族介导的转录沉默 17.1引言 17.2染色质上沉默标记的建立 17.3PcG复合体靶向到沉默的基因 17.4发育和疾病中的PcG抑制 17.5总结与展望 致谢 第18章一组Trithorax蛋白质调控基因表达 18.1引言 18.2trxG蛋白与染色质的联系 18.3trxG蛋白与一般转录机制的联系 18.4trxG蛋白与黏连蛋白的联系 18.5其他trxG蛋白的生化功能 18.6trxG蛋白和PcG蛋白的功能互作 18.7非编码RNA和trxG蛋白 18.8trxG蛋白和人类疾病 18.9总结 第19章染色质的远程交互作用 19.1引言：体内储存DNA的挑战 19.2核架构背景下的远程交互作用 19.3染色质交互作用和基因调控的分析 19.4染色质环交互的不同类型 19.5构建染色质环 19.6环的交互和基因调控 19.7总结 第20章组蛋白变体和表观遗传学 20.1所有生物中DNA被结构性蛋白包装 20.2真核生物核心组蛋白从古细菌组蛋白进化而来 20.3大量组蛋白在DNA复制后加载 20.4组蛋白变体在整个细胞周期中加载 20.5一种特殊的组蛋白H3变体标记了着丝粒 20.6组蛋白变体H3.3的替换发生在活跃染色质上 20.7H3.3在生殖系中的功能 20.8H2A.X的磷酸化在DNA双链断裂修复过程中的功能 20.9H2A.Z在染色质调节中起多种作用 20.10H3.3和H2A.Z占据特定染色质位置 20.11H2A.Z核小体的占据是动态的并改变染色质的特性 20.12H2A.Z在表观继承中的功能 20.13其他H2A变体区分染色质，但它们的功能尚不清楚 20.14许多组蛋白已经进化，以更紧密地包装DNA 20.15组蛋白变体与人类疾病 20.16总结与展望 第21章核小体重塑与表观遗传学 21.1核小体重塑的发现：历史回顾 21.2核小体重塑的具体细节 21.3核小体重塑复合体的多样性 21.4核小体重塑因子作为转录调控因子 21.5染色质组装与组织过程中的核小体重塑 21.6染色质重塑因子对组蛋白修饰的识别 21.7翻译后修饰对重塑因子的调控 21.8染色质重塑因子与DNA甲基化的相互作用 21.9染色质重塑因子和组蛋白变体 21.10发育过程中的核小体重塑 21.11总结 致谢 第22章表观遗传信息的维持 22.1DNA甲基化 22.2混合亲本组蛋白和新的组蛋白 22.3复制时序 22.4总结 致谢 第23章秀丽隐杆线虫X染色体的调控 23.1秀丽隐杆线虫性染色体的不均衡性 23.2X︰A比值的确定 23.3DCC类似于致密因子复合物 23.4DCC的募集和蔓延 23.5DCC效应：X连锁基因和常染色体基因her-1的下调 23.6X连锁基因的补偿性上调 23.7生殖系发育和X染色体的全局性沉默 23.8雄性个体中单一X染色体的减数分裂沉默 23.9MES组蛋白修饰酶对X染色体沉默的调控 23.10早期胚胎中父源X染色体的失活 23.11总结 网络资源 第24章果蝇中的剂量补偿效应 24.1剂量补偿效应在果蝇中的发现 24.2剂量补偿效应的调控 24.3负责补偿效应的染色质重塑复合物的组装 24.4非编码roXRNA促进MSL复合物在X染色体上的组装和靶标 24.5MSL结合X染色体的高分辨率分析 24.6从起始位点过渡到目标基因 24.7与剂量补偿相关的染色质修饰 24.8剂量补偿的机制模型 24.9剂量补偿与细胞核调控 24.10染色质因子对雄性X染色体的整体影响 24.11剂量补偿效应如何演化 24.12展望 网络资源 第25章哺乳动物中的剂量补偿效应 25.1引言 25.2X染色体失活概述 25.3X染色体失活的起始 25.4失活状态的增殖和维持 25.5X染色体的再激活和重编程 25.6总结与展望 第26章哺乳动物中基因组印记 26.1历史回顾 26.2基因组印记—一种表观遗传的基因调控系统 26.3基因组印记中的关键发现 26.4基因组印记—哺乳动物的一种表观遗传调控模型 26.5展望 致谢 网络资源 第27章生殖细胞系和多能干细胞 27.1哺乳动物生命周期中的遗传和表观遗传统一体 27.2生殖细胞特化的调节机制 27.3从卵母细胞到早期胚胎 27.4从多能干细胞到体细胞再回到生殖细胞 27.5展望 致谢 第28章诱导多能性和表观遗传重编程 28.1细胞重编程的历史 28.2iPSC的产生 28.3iPSC形成的潜在机制 28.4疾病研究中iPSC技术的应用 28.5悬而未决的问题：iPSC是否等效于ES细胞？ 28.6总结 致谢 第29章免疫的表观遗传调控 29.1获得性免疫应答简介 29.2淋巴系统中的谱系决定 29.3免疫系统中的谱系可塑性 29.4V(D)J重排的表观遗传调控 29.5恶性淋巴肿瘤中表观遗传调控的作用 29.6染色质介导的炎症反应控制 29.7“组蛋白模拟物”及其对炎症反应调控的暗示 29.8总结 第30章染色质的代谢信号 30.1代谢物 30.2酶 30.3中间代谢的改变调节表观遗传状态 30.4生物钟表观基因组 30.5老化和衰老的表观基因组以及与新陈代谢的联系 30.6总结 第31章植物响应环境的表观遗传调控 31.1环境记忆中的表观遗传调控 31.2案例1—春化 31.3案例2—病毒介导的基因沉默与表观遗传 31.4重置与跨代遗传 31.5响应胁迫的瞬时表观遗传调控 31.6响应胁迫的跨代表观遗传调控 31.7表观遗传对基因组结构的影响 31.8被诱导的表观遗传改变的后遗症 31.9展望 第32章组蛋白和DNA修饰是神经元发育和功能的调节因子 32.1神经元发生的表观遗传调控 32.2Pcdh启动子选择的表观遗传调控 32.3OR选择的表观遗传调控 32.4嗅觉神经元生命跨度的表观遗传调控 32.5总结与展望 第33章表观遗传学与人类疾病 33.1引言 33.2人类病例研究揭示表观遗传的生物学作用 33.3人类疾病 33.4展望 致谢 第34章癌症的表观遗传决定因素 34.1癌症的生物学基础 34.2染色质对于癌症的重要意义 34.3DNA甲基化在癌症中的作用 34.4癌症中高甲基化的基因启动子 34.5早期癌症发生中表观基因沉默的重要性 34.6表观遗传沉默的癌症基因的分子结构 34.7癌症中表观基因沉默的主要研究问题的总结 34.8DNA甲基化异常作为癌症检测和监测癌症预后的生物标志物 34.9表观遗传疗法 第35章组蛋白修饰与癌症 35.1简介 35.2组蛋白修饰 35.3靶向组蛋白修饰的药物发现中的挑战 附录 第36章染色质的必要性：展望 36.1一些进展的归纳 36.2建立全局染色质可及性的假设 附录1网络资源 附录2目前记录的组蛋白修饰的详细目录 索引