《中华人民共和国行政处罚法（案例应用版）》以法条本身的条文顺序编排，将与法律条文相关的案例作为案例解读部分放到条文后。另外新增加应用要点部分。该部分内容为此次修订最大的特色。思路主要以从诉讼发生至结束流程中需要注意的事项为主线，供发生纠纷诉讼的当事人或者法律专业人士使用。
根据主体法条文的内容及特点，该部分分设【案由选择】、【管辖法院】、【立案标准】、【证据规则】、【裁判规范】等条目。