《真菌进化生物学》以进化生物学的基本原理为基础，重点阐述真菌进化与系统生物学，适当兼顾卵菌和黏菌，内容涵盖宏观的进化生物学概述、真菌物种的形成与多样性及分类系统，微观的真菌形态建成与代谢的进化、物种的遗传进化、种群的微进化、协同进化，以及真菌宏进化等，同时包括真菌分子进化的分析方法和进化生物学应用，较为系统地论述了真菌进化生物学的新观念和研究进展。